עמותת מסל"ן הוקמה בשנת 1988 על ידי קבוצת נשים אקטיביסטיות בעלות אידיאולוגיה פמיניסטית, ובראשן עו"ס אופירה לוי. בשנה זו התקיים קורס המתנדבות הראשון של מסל"ן אשר בסיומו נפתח קו החירום שמטרתו לתת מענה לנשים נפגעות אלימות במשפחה. קו הסיוע פעל בשעות הבוקר בלבד ותופעל ממשרד קטן בעיר העתיקה. כשנתיים לאחר מכן, החלו המתנדבות להעביר סדנאות בקהילה העוסקות באלימות בין בני זוג ובמיתוסים סביב הנושא. בשנת 1993 מחליט ועד העמותה על הקמת מקלט לנשים מוכות, וכחלק מהסיוע לנפגעות מתפתח הליך הליווי המשפטי בצמוד לעבודה עם החוקרים במשטרה.
בשנת 1996 העמותה עברה לשכונה ב' בבאר שבע, ובשנת 1999 קרן פראט סייעה לעמותה ברכישת בית קבע לפעילותה ברחוב הרב הרצוג בבאר שבע. בשנים אלו הארגון עבר שינויים משמעותיים, ביניהם החלטת הועד המנהל על מינויה של ליזה ניקולאיצ'וק, מתנדבת וחברת הועד המנהל, לתפקיד מנכ"לית העמותה, והכנסת רפורמה הכוללת מעורבות צוות מקצועי בעל כלים וידע. בתקופה זו העמותה מתמקדת בגיוס עובדים מקצועיים, הרחבת פעילות ההסברה והנגשת התכנים לאוכלוסיות נוספות.
בשנת 2005 מתקבלת החלטה על ניתוק המקלט ממסל"ן, וצעד זה מחזק את העבודה סביב אלימות מינית. בשנת 2006, הוקמה היחידה הטיפולית במסל"ן לאור חוסר המענה הטיפולי בדרום הארץ.
בשנת 2008, הוגדרו שלושת התחומים העיקריים של העמותה וכך נשארו עד היום: סיוע וליווי בהליך המשפטי, מענה טיפולי ביחידה הטיפולית, ופעולות חינוך, מניעה והסברה לציבור הרחב.